Das antike Potidaia wurde gegen 600 v. Chr. am Hals der Halbinsel Pallene (Kassandra) gegründet. Wie schon sein Name besagt, war Poseidon die Schutzgottheit der Stadt. Während des Feldzugs des Xerxes gegen Griechenland im Jahr 480 v. Chr. wurde die Stadt nach einer Belagerung besiegt. Ein Jahr später war sie jedoch wiederhergestellt und widersetzte sich erfolgreich der Belagerung durch Artabazos. Im gleichen Jahr war sie die einzige Stadt Makedoniens, die zusammen mit anderen griechischen Städten an der Schlacht von Plataiai teilnahm. 349/8 v. Chr. folgt die Polis dem Schicksal der anderen Städte auf der Chalkidiki und wird in das Königreich Makedonien eingegliedert.
Nachdem sie ungefähr 40 Jahre lang verlassen gewesen war, gründete Kassander 316 v. Chr. an der Stelle von Potidaia eine neue Stadt, welcher er seinen Namen gab: Kassandria. Im Zeitraum bis zur Eroberung Makedoniens durch die Römer (168 v. Chr.) entwickelte sich Kassandria zu einer der mächtigsten Städte Makedoniens. In diesen Zeitraum fällt wahrscheinlich auch die Eröffnung des Kanals, welcher die Schifffahrt erleichterte und dem Handel und der wirtschaftlichen Entfaltung Auftrieb verlieh. 168 v. Chr. wurde sie von Rom unterworfen und erlebte eine neue Blüte.
Der Niedergang der Stadt wird mit den Hunneneinfällen verbunden, die 540 n. Chr. in Makedonien eindrangen. Trotz der Bemühungen Justinians sprechen Quellen aus dem 14. Jh. n. Chr. von ihrem vollständigen Verlassensein. Ihre Festung, die für die Sicherheit der gesamten Halbinsel wichtig war, wurde unter Johannes VII. Paläologos im Jahr 1407 sowie später durch die Venezianer repariert. Im Jahr 1430 fällt die Stadt an die Türken. Beim Befreiungskampf von 1821 werden die alten Festungen ausgebessert und erneut verwendet, und im gleichen Zeitraum wird auch der Kanal wiedereröffnet. 1821 verschanzten sich in der Burg die aufständigen Bewohner der Chalkidiki und kämpften hart, bevor die Zerstörung von Kassandra stattfand, der bekannte Massenmord, dessen Jahrestag jedes Jahr am 14. November feierlich begangen wird.
Potidaia wurde im 7. Jh. v. Chr. von Korinthern an der Stelle einer früher bestehenden Stadt „Pallene“ gegründet, und aufgrund ihrer bedeutenden Lage wurde sie schnell mächtig. Sie war die einzige Stadt der Chalkidiki, die an der Schlacht von Plataiai teilnahm, und ihr Name war auf dem bronzenen Dreifuß verzeichnet, der von den Siegern den Göttern geweiht wurde.